狂犬病
与臭鼬、浣熊、狐狸和家犬等其他哺乳动物一样，蝙蝠也可能携带狂犬病。狂犬病是一种影响包括人类在内的哺乳动物神经系统的病毒性疾病，也是蝙蝠最重要的公共卫生问题。
狂犬病通常通过动物咬伤传播，但在少数情况下，也可能通过受感染哺乳动物的唾液传播到另一哺乳动物的眼睛、鼻子、嘴巴或伤口。由于狂犬病是一种致命的疾病，因此所有野生哺乳动物都应被远远地看待并作为“野生动物”来对待。
通常情况下，野生动物不会攻击人类，除非被逼到绝境或受到挑衅。有时，我们可能会在地上发现蝙蝠，或者发现它悬挂在树上或灌木丛中。无论哪种情况，都不要试图拿起球棒。任何看起来“行为异常”的蝙蝠都应谨慎对待并远离。
如果球棒位于必须将其移除的区域，那么您应该戴上一副皮手套，并用长柄铲子将球棒捡起。如果它看起来还活着，那么就将蝙蝠移到没有宠物或人类活动的地方。尝试将球棒放在灌木丛或树枝弯曲处，以使球棒离开地面，远离儿童和宠物。如果蝙蝠死了，就把它埋在地下足够深的地方，这样宠物就无法把它挖出来。
由于狂犬病只能在实验室中确认，因此在任何怀疑与人类接触的情况下，都应收集蝙蝠（参见家庭或建筑物中的有害蝙蝠）。您当地的卫生部门将能够送该动物去做狂犬病检测。
如果被蝙蝠咬伤，请将其带走进行狂犬病检测，用肥皂和水清洗咬伤部位，并立即就医。如果您在儿童房间或有人睡觉的房间里发现蝙蝠，请收集蝙蝠进行狂犬病检测，并寻求医疗建议。
一般来说，人们知道蝙蝠何时咬了他们，但由于蝙蝠的牙齿很小，有时人们可能没有意识到这种接触。
Histoplasmosis
组织胞浆菌病是一种存在于土壤以及鸟类和蝙蝠粪便中的微观真菌。这是一种通过空气传播的疾病，会引起类似流感的症状，包括干咳、发烧和身体疼痛。虽然组织胞浆菌病通常不会导致衰弱，但严重的情况下可能会危及生命。
房主最有可能接触到这种疾病的情况是，他们的阁楼里生活着一大群蝙蝠。在这种情况下可能会出现鸟粪堆，应谨慎处理。
将蝙蝠从阁楼中驱除出去后（参见住宅和建筑物中的有害蝙蝠），应清除鸟粪堆，并且不要再散布鸟粪或灰尘颗粒。工人应佩戴合适的呼吸器，以过滤直径小至两微米的颗粒。
寄生虫
体外寄生虫会感染蝙蝠，但通常不会对人类健康造成问题，主要是因为蝙蝠和人类之间缺乏身体接触。此外，许多寄生虫都具有相当的宿主特异性。感染蝙蝠的一些寄生虫是我们在徒步旅行中可能会遇到的，例如恙螨、蜱虫和跳蚤；其他包括螨虫和寄生蝇。