野生鳟鱼种群需要寒冷、含氧量高的水、清澈的溪底和良好的鱼类覆盖。在弗吉尼亚州，大多数鳟鱼栖息地的丧失是由于溪流温度升高、淤积和河道改变造成的。
水温要求可能是弗吉尼亚州鳟鱼种群面临的最关键因素，而该州普遍温暖的气候和通常较低的夏季溪流流量对这种情况没有帮助。夏季，大多数阴凉的山间溪流温度不超过70 ° F ，适合鳟鱼生存。只要河岸植被完好无损，即使在伐木和耕作期间也能保持水生栖息地和合适的水温。在大多数情况下， 70下溪流的最高温度都在鳟鱼可忍受的范围内，但这样的温度改善了鳟鱼无法与之竞争的其他溪流鱼类的栖息地。
淤积和其他更直接的栖息地改变形式（例如渠化）也导致弗吉尼亚州损失了数英里的鳟鱼水域。淤积的河底减少了溪流中的昆虫数量，而昆虫是鳟鱼的重要食物来源。淤积也使鳟鱼繁殖困难。鳟鱼在溪流砾石中产卵，因此需要干净的砾石来确保含氧水流过鱼卵。鳟鱼卵上只要有四分之一英寸的淤泥就会导致100 ％的死亡率。
河道的改变也令人担忧，不仅因为它会造成淤积增加，还因为它会破坏鱼类覆盖物并可能升高水温。鳟鱼需要上方的遮蔽物，例如被冲刷的河岸、大石头或水下的原木。当这种覆盖物被移除时，鳟鱼就会离开。缺乏合适的掩蔽物会限制溪流所能容纳的大鳟鱼的数量。
由于栖息地退化，弗吉尼亚州在1970年代中期之前失去了许多优良的野生鳟鱼种群。然而，导致这些损失的许多土地使用方式——广泛的河道化、糟糕的伐木技术、河岸植被的清除、河岸地区的集约化农业等——已经得到改善，以至于在过去的几十年里，物理栖息地一直在改善。此外，该部门还保存着最新的野生鳟鱼溪流清单，为保护这一重要栖息地提供必要的数据。
该部门的鳟鱼溪流清单发现弗吉尼亚州有超过2 、 350英里的野生鳟鱼溪流。令生物学家感到鼓舞的是，作为弗吉尼亚州唯一的本土鳟鱼物种，溪鳟鱼仍然占该州野生鳟鱼资源的80 %。从西部引进的虹鳟鱼已经占领了美国东南部其他各州的许多原生溪鳟鱼溪流。因此，弗吉尼亚州目前拥有的原生溪鳟鱼溪流数量比其他所有东南部各州的总和还要多。
与邻近各州类似溪流的生长率相比，弗吉尼亚州野生鳟鱼（尤其是溪鳟）的生长率非常高。在弗吉尼亚州的大多数溪流中，成年溪鳟鱼到三岁时平均长度为8 - 10英寸。就现有溪流的数量和鳟鱼的大小而言，弗吉尼亚州可能是新英格兰南部最好的本地溪鳟鱼垂钓地。
与鲈鱼和蓝鳃鱼等温水鱼不同，鳟鱼的繁殖能力非常低。因此，在捕鱼活动频繁的地区，必须保护鳟鱼，直到它们至少能够产卵一次。为了实现该目标，弗吉尼亚州对所有捕捞的鳟鱼规定了7英寸的最小尺寸限制。这样的限制将使大多数野生鳟鱼在被捕捞之前达到产卵年龄。